脑干不仅含有大部分的脑神经核(除了嗅神经和视神经)，全身感觉、运动传导束皆通过脑干，呼吸循环中枢亦位于此，而脑干网状结构则是参与维持意识清醒的重要结构。所以脑干损伤后，除了有局部脑神经受损的表现外，意识障碍、运动感觉障碍的表现往往较重，而且还可有呼吸循环功能的衰竭，危及生命。
1.意识障碍 原发性脑干损伤病人，伤后常立即发生昏迷，轻者对痛刺激可有反应，重者昏迷程度深，一切反射消失。昏迷为持续性，时间多较长，很少出现中间清醒或中间好转期，如有，应想到合并颅内血肿或其他原因导致的继发性脑干损伤。
2.瞳孔和眼运动改变 眼球活动和瞳孔调节功能由动眼、滑车及外展等脑神经管理，它们的神经核均位于脑干，脑干损伤时可有相应变化，临床上有定位意义。中脑损伤时，初期两侧瞳孔不等大，伤侧瞳孔散大，对光反应消失，眼球向下外倾斜;两侧损伤时，两侧瞳孔散大，眼球固定。脑桥损伤时，可出现两瞳孔极度缩小，光反射消失，两侧眼球内斜，同向偏斜或两侧眼球分离等征象。
3.去皮质强直 是中脑损伤的重要表现之一。因为中脑前庭核水平存在促进伸肌收缩的中枢，而中脑红核及其周围网状结构是抑制伸肌收缩的中枢所在。两者之间切断时，便出现去皮质强直。表现为伸肌张力增高，两上肢过伸并内旋，下肢亦过度伸直，头部后仰呈角弓反张状。损伤较轻者可为阵发性，重者则持续发作。
4.锥体束征 是脑干损伤的重要体征之一。包括肢体瘫痪、肌张力增高，腱反射亢进和病理反射出现等。在脑干损伤早期,由于多种因素的影响,锥体束征的出现常不恒定。但基底部损伤时，体征常较恒定。如脑干一侧性损伤则表现为交叉性瘫痪，包括肢体瘫痪、肌张力增高、腱反射亢进及病理反射阳性。严重损伤处于急性休克期时，全部反射可消失，病情稳定后才可出现。
5.生命体征变化
(1)呼吸功能紊乱：脑干损伤常在伤后立即出现呼吸功能紊乱。当中脑下端和脑桥上端的呼吸调节中枢受损时，出现呼吸节律的紊乱，如陈-施呼吸;当脑桥中下部的长吸中枢受损时，可出现抽泣样呼吸;当延髓的吸气和呼气中枢受损时，则发生呼吸停止。在脑干继发性损害的初期，如小脑幕切迹疝的形成时，先出现呼吸节律紊乱，陈-施呼吸，在脑疝的晚期颅内压继续升高，小脑扁桃体疝出现，压迫延髓，呼吸即先停止。
(2)心血管功能紊乱：当延髓损伤严重时，表现为呼吸心跳迅速停止，病人死亡。较高位的脑干损伤时出现的呼吸循环紊乱常先有一兴奋期，此时脉搏缓慢有力，血压升高，呼吸深快或呈喘息样呼吸，以后转入衰竭，脉搏频速，血压下降，呼吸呈潮式，终于心跳呼吸停止。一般呼吸停止在先，在人工呼吸和药物维持血压的条件下，心跳仍可维持数天或数月，最后往往因心力衰竭而死亡。
(3)体温变化：脑干损伤后有时可出现高热，这多由于交感神经功能受损，出汗功能障碍，影响体热发散所致。当脑干功能衰竭时，体温则可降至正常以下。
6.内脏症状
(1)上消化道出血：为脑干损伤应激引起的急性胃黏膜病变所致。
(2)顽固性呃逆。
(3)神经源性肺水肿：是由于交感神经兴奋，引起体循环及肺循环阻力增加所致。
脑干反射与脑干损害平面的对应关系：严重脑损伤时，皮质以下至脑干各平面受损程度和范围不一，其临床表现亦各异。故可从某些生理反射或病理反射的表现，来判断脑干受损的部位，用以指导临床、推测预后(表1)。
原发性脑干损伤与其他的颅脑损伤往往同时存在，临床症状重叠，鉴别诊断较为困难。对于伤后立即昏迷并进行性加重、瞳孔大小多变、早期发生呼吸循环功能衰竭、出现去皮质强直及双侧病理征阳性的病人，原发性脑干损伤的诊断基本成立。
