如果进行手术治疗，可能出现以下并发症：
1.局部积液
如果脑脊液吸收障碍，液体会积聚在修补部位，影响切口愈合。可以通过间歇性抽液、加压包扎来控制。
2.脑积水
表现为患儿头围增大、前囟饱满，经颅超声检查可见脑室进行性扩大，此时可以放置脑室腹腔分流进行治疗。如果在脑脊液通路上发生感染，必须先给患儿放置脑室外引流，待伤口愈合、感染治愈后，再行脑积水分流手术。虽然脑膜脑膨出中脑积水的发生率远高于脑膜膨出，但两者脑积水的治疗方法是相同的。
3.癫痫
癫痫的发生与中枢神经系统发育不全的关系比与脑膨出修补的关系更大。