消化系念珠菌病应与食管炎、胃炎、肠炎等鉴别。念珠菌肺炎、脑膜炎、心内膜炎应与结核性、细菌性以及其他真菌性感染鉴别。
(1)真菌学诊断：所有患者的确诊必须有真菌培养阳性的结果。标本直接镜检发现大量菌丝和成群芽孢有诊断意义。如只见芽孢，特别是在痰或阴道分泌物中可能属于正常带菌。无临床意义。菌丝的存在表示念珠菌处于致病状态。
(2)病理诊断：皮肤病变原发损害可出现类似脓疱疮或角质层下脓疱病，有时为海绵样变，角质层内只存在少量真菌，为白色念珠菌菌丝及卵圆形孢子。念珠菌性肉芽肿呈明显乳头瘤样增生及角化过度，真皮内可见致密淋巴细胞、中性粒细胞、浆细胞及多核巨细胞等炎性浸润，可深入真皮直至皮下组织。在炎症细胞周围可见菌丝及孢子。内脏损害病理上可表现为广泛的由孢子及菌丝构成的块状物，炎症表现可以轻微。组织学检查可鉴定念珠菌，但不能确定菌种。
(3)血清学诊断：念珠菌孢壁主要由糖原、甘露聚糖等组成，后者水解后形成甘露糖，不断脱落形成代谢产物，利用ELISA或AB-ELISA法测定血清念珠菌多糖抗原对于部分系统性和播散性念珠菌病的诊断更及时、准确。
(4)临床诊断：临床表现不能用其他疾病解释，同时存在诱发因素而查菌又阳性(指常规真菌检查)时，应考虑念珠菌病的可能，并作进一步检查。另外，成人出现鹅口疮标志着系深部念珠菌病的早期表现，不可忽视，并注意排查HIV感染等潜在疾病。
