青少年及小儿阴道透明细胞癌须与阴道腺病，子宫内膜样腺癌及阴道腺癌相鉴别。
阴道腺病：也多见于青春发育期，患者多数无明显自觉症状。病变范围较广或累及黏膜表面，常有白带增多症状，白带稀薄黏液状或血性白带，还可以表现为性交后出血、性交痛及阴道灼热感。活组织检查是阴道腺病的确诊依据。如阴道检查发现有上述异常病变时，应做多处活检。
子宫内膜癌：患者较年轻，多在绝经前后，甚至在生育年龄发病，早期患者可无明显症状，仅在普查或妇科检查时偶然发现。一旦出现症状，多表现为：不规则阴道出血、的阴道排液、阵发性下腹痛、腹部包块等等。宫腔镜下可直接观察宫腔及宫颈管有无癌灶存在，癌灶部位、大小、病变范围，及宫颈管有否受累等；直视下对可疑病变取材活检，有助于发现较小的或较早期的病变
阴道腺癌：早期癌可无症状，随病程发展，可出现阴道排液、阴道出血。某些阴道腺癌可产生黏液，使阴道分泌物较黏稠。癌侵犯膀胱时出现尿频、尿急、尿血或排尿困难；侵犯直肠时出现里急后重、排便困难；侵犯阴道旁、主韧带、宫骶韧带，可有盆髂两侧或腰骶疼痛。肿瘤标志物检查、分泌物检查。凡是阴道肿物或较明显的糜烂者均应行阴道细胞学检查和活检以确诊。