人工授精的并发症是非常少见的。多数并发症是接受IUI之前采用促排卵药物引起的。
盆腔感染
IUI过程中使用导管或官颈钩可引起子宫轻度痉挛，这是很常见的现象，具有自愈性，常在IUI结束后几小时内恢复。若不适持续存在，常提示可能是活动期盆腔感染·发生概率不到2/1000。对这些少数患者来说，早期诊断和治疗是关键，能降低IUI诱发盆腔炎的风险，尤其是继发生育力下降的患者。
血管迷走反应
对宫颈进行操作可引起血管迷走反应，包括血管舒张、心率减慢，进而低血压.临床表现为仰卧患者出汗;坐立或站立时出现昏厥。而仰卧位不会。患者仰卧交叉双腿时可使症状持续性存在。反应更严重的患者可能需要肌肉注射阿托品来缓解症状(0.5mg)。
变态反应
变态反应，包括过敏反应，可能是因为IUI精液准备时所用洗涤液中含有潜在的过敏源。有文献认为是对其中的牛血清白蛋白或抗生素(青霉素和链霉素)过敏。其中肯霉索过敏反应最常见，轻者表现为轻度皮疹.重者则喉部水肿、支气管痉挛、血压过低，危及生命。对于有IUI过敏史的患者，建议在处理精液时使用无血清白蛋白、无抗生素的洗涤液。
抗精子抗体
最初开展IUI时，人们最关心的问题是IUI注射过程能否导致女方生殖系统产生抗精子抗体。幸运的是，经过40年的临床实践证明，IUI中女方内生殖道暴露于洗涤后的精子悬液时并不刺激生殖系统产生具有临床意义的抗精子抗体”“。
妊娠相关的并发症
多胎妊娠
IUI不会增加多胎妊娠的风险。然而,为募集多个卵泡而服用促排卵药物，则增加了多胎妊娠的风险。氯米芬促排卵可伴有5%～10%的双胎率，多于双胎的情况很少。注射促性腺激素可伴有14%～39%的多胎妊娠率。仔细监测排卵前卵泡数目和雌激素峰值有助于减少多胎妊娠的风险。
总之.当女性年龄小于30岁.排卵前卵泡多于6个，血清雌激素峰值高于1000pg/ml，其发生多胎妊娠的风险很高。
自然流产和异位妊娠
lUI心者的自然流产率较正常人群高.大约为20%～25%。自然流产率可能不是IUI直接导致的，很有可能是患者潜在的不孕问题所致。同样，异位妊娠多是因为输卵管疾病等诱发因素，而非IUI操作所引起。
