1.药物治疗
(1)更昔洛韦：更昔洛韦治疗巨细胞病毒，虽然在治疗1～4周后，血和尿培养转为阴性，但停止用药2～5周后，所有病人临床症状复现，病毒学检查又转阳性，故必须长期用药。但常因发生白细胞减少而不得不终止治疗。
(2)膦甲酸钠：能抑制疱疹病毒的DNA聚合酶。
(3)最近有试验发现，如果孕妇的羊水中含有巨细胞病毒，使用免疫蛋白对减少先天性巨细胞病毒感染效果显著。而在孕期21周前患有先天性巨细胞病毒的孕妇，每月注射一定剂量的免疫蛋白也可以减少婴儿的先天性巨细胞病毒感染。
2.对妊娠处理
(1)于妊娠早期确诊孕妇患巨细胞病毒感染，或立即行人工流产终止妊娠，或等待至妊娠20周时抽取羊水或脐静脉血检查特异性IgM。若为阳性应中断妊娠进行引产，以免出生先天缺陷儿。
(2)于妊娠晚期感染巨细胞病毒或从宫颈管分离出病毒，无需特殊处理，妊娠足月临产后，可经阴道分娩，因胎儿可能已在宫内感染巨细胞病毒。由于新生儿尿液中可能有巨细胞病毒，故应使用一次性尿布，或用过的尿布做消毒处理。
(3)乳汁中检测出巨细胞病毒的产妇，应停止哺乳，改用人工喂养为宜。
(4)抗病毒药物对巨细胞病毒感染孕妇并无实际应用价值，阿糖胞苷和阿糖腺苷静脉滴注可能有效。大剂量干扰素能抑制病毒血症，使病情见好转。