严重的枸橼酸杆菌肺炎可因菌血症或败血症而引起下列并发症：感染性休克、呼吸衰竭、急性心肌炎、心内膜炎、中毒性肝炎、急性肾衰、肺脓肿、脓胸、全身多发性脓肿、DIC等。这时可有相应受损脏器的症状和体征。同时病情恶化，病死率明显增加，预后差。