1.细菌学检查
食管内镜检查取得的活检标本进行培养，如能找到结核杆菌，即可诊断食管结核。
2.组织病理学检查
Rosario等(1989)报道对食管内镜检查取得活检标本进行病理学检查可发现抗酸杆菌，但对其进行细菌培养却无法找到结核杆菌，他们推测可能是由于之前曾进行过抗结核治疗的缘故。
3.结核菌素试验
结核菌素是结核杆菌的特异产物，是鉴定人体是否感染结核杆菌以及人体对结核杆菌感染反应程度的一种生物制剂。
4.血清学试验
血清学检查血清凝集素试验滴度大于1：160，有一定诊断价值，用放免法及酶联法检测血清中甘露聚糖抗原，或用琼脂凝胶扩散和反向免疫电泳检测真菌抗体等，对真菌感染似有特殊价值，但有待进一步验证。
5.其他检查
(1)血沉 由于组织坏死和炎性改变，重症和急性进展期的食管结核患者的血沉多增快，当组织修复，病变吸收时血沉可恢复正常。
(2)血象 食管结核患者由于长期慢性消耗和营养障碍而发生继发性贫血，红细胞和血红蛋白可有不同程度的减少，但慢性缺氧及呼吸功能不全者往往有代偿性红细胞增多。
6.影像学检查
是诊断食管结核的重要方法，在食管结核的影像学检查中以食管钡剂造影检查为首选，可较为准确地判断病变的长度，黏膜及管腔改变，胸部X线透视，平片及颈椎和胸椎正，侧位片可能发现肺内结核病灶，颈，胸椎结核引起的椎体破坏及冷脓肿形成，纵隔及肺门淋巴结肿大及钙化，纵隔积液及脓肿引起的纵隔阴影增宽等征象，CT检查为辅助手段，对于食管管壁的厚度，有无细小钙化，小的坏死腔，食管周围情况如纵隔内的少量积液，脓肿，脊椎结核破坏等的显示更准确，MRI检查对食管结核的诊断价值有限。