食管结核临床表现轻重不一，患者多以吞咽困难，吞咽痛或胸骨后疼痛为主诉就诊，缺乏典型的结核中毒症状，有的患者以呕血为首发症状，甚至表现为内科治疗无法控制的消化道大出血。
一般而言，食管结核病情较轻者临床可无症状，仅于死后尸解时发现病情严重者则有发热，疲乏，无力，消瘦及盗汗等全身症状，绝大多数食管结核症状属于病程晚期全身抵抗力明显下降的一种局部表现，患者常未得到确诊而死亡，由于食管结核可并发于晚期肺结核，或伴有咽喉结核，其食管的症状常被肺部或咽喉的症状所掩盖。
食管结核的临床表现有以下3个特点：
1.起病症状无特异性
食管结核起病缓慢，几乎都有吞咽困难及轻度咽下功能障碍症状，部分患者还伴有胸骨后疼痛不适，乏力与盗汗等症状，这些症状表现及发展过程与食管恶性肿瘤相似，偶尔被接诊医生视为食管癌的主要症状，从而未作相关的全面检查而误诊误治。
2.发病率低
由于食管结核在临床上罕见，因而在诊断与鉴别诊断中很容易被忽略，甚至有时患者因吞咽困难而就诊，已发现合并有其他部位的结核病灶的情况下，仍未考虑到结核累及食管的可能。
3.临床表现各异
食管结核的病理类型及食管黏膜受损程度不同，患者的临床表现也不同。
(1)溃疡型 其突出症状为咽喉或胸骨后疼痛，有时为背痛，多呈持续性，吞咽时加重，患者有畏食现象，随后体重减轻。
(2)增殖型 表现为进行性吞咽困难。
(3)颗粒型 颗粒型症状较轻，有时较为严重者也可出现吞咽困难。