1.治疗的选择
食管囊肿的治疗取决于病变的大小、结构和病变对食管以及邻近结构的损害程度。婴幼儿的巨大食管囊肿引起严重的呼吸窘迫症状者，只要诊断明确，就应该及时进行手术治疗或抽吸减压。
婴幼儿食管囊肿如若与周围结构粘连严重，或与食管、气管、支气管及主动脉之间的关系密切，试图完整切除病变有很大风险，在技术上也有困难，一旦术中损伤周围重要器官，便会造成严重后果。此外，这类食管囊肿常有丰富的血液供给，术中容易出血，失血量大。对这种病例在手术时可在囊肿的表面做一大小适中的切口，从切口内只剥除其内的黏膜层而保留囊壁，同样可以达到治疗目的，而且手术比较安全。食管囊肿导致患儿产生严重的呼吸窘迫的情况下，也可以手术剥脱去除囊内的部分上皮而缓解临床症状。
2.食管囊肿黏膜切除术
大多数食管囊肿切除术为食管囊肿黏膜切除术，即切除囊肿的黏膜组织后便能达到治疗目的。因食管囊肿而施行食管切除术的病例极为罕见。
3.电视胸腔镜手术
如系肠源性囊肿，为预防其术后复发，须彻底切除。若囊肿与食管之间仅为一层管壁(共壁)，则需要切开囊肿，剥除或切除其黏膜组织和大部分囊壁;缝合食管黏膜切口，然后用残留的囊壁(食管肌层)间断缝合、包埋食管黏膜下层的裸露区。