肾石病的病因比较复杂，有些因素尚未认识清楚，综合有关论述，可归纳为三个方面：
1.局部病因。肾结石的基本形成过程是某些生理异常因素造成晶体物质(如钙、草酸、尿酸、胱氨酸等)在尿中浓度升高或溶解度降低，呈过饱和状态，析出结晶并与有机基质(如基质A、酸性粘多糖等)组成核心，然后结晶体在局部增长、聚集，最终形成结石。以下因素影响结石的形成：(1)尿液中结晶成分增多，如高钙尿、高草酸尿、高尿酸尿，在肾结石的形成过程中起着非常重要的作用;(2)尿路感染：持续或反复尿路感染可引起感染性结石;(3)尿液呈酸性时，尿PH值降至5.5以下，溶解度显著降低，有利于结石的形成。尿量过少则尿中结晶成分浓度升高，有利于结石形成;(4)饮食与药物的影响，饮用硬水、营养不良、缺乏维生素A、服用磺胺类药物、乙酸唑胺等也易引起结石。
2.新陈代谢紊乱。与肾结石形成的关系极为复杂，目前认识尚不全面。
3.其它因素。气候、水质、遗传、性别、年龄、饮食和职业等环境因素对肾结石均有一定的影响。现已肯定，气候干热，日照期长，可使尿浓缩，从而易于生长结石，八、九月结石发病率最高，冬季最低。原因不明的肾结石多是30～40岁，男性较女性多4～5倍，15岁以下的儿童极罕见。据有关统计，食糖过多可能促进肾结石形成，办公室工作人员，特别是高温室内工作者，如厨师发病率较高。
一般认为肾石症隶属祖国医学“淋证”门中的“砂淋”、“石淋”、“血淋”的范畴。其成因大都认为是肾虚、膀胱气化不利、湿热蕴结于下焦，尿液受湿热煎熬，浊质凝结而为结石。