肾石病的症状取决于结石的大小、形状，所在部位和有无感染、梗阻等并发症。
肾结石可能长期存在而无症状，如固定在肾盂或下肾盏内不移动而又无感染的结石。另外，表面光滑的小结石，能自动排出也不引起明显症状。
肾结石引起的疼痛可分为钝痛和绞痛。绝大多数病人(约40%～50%)都有腰痛和上腹部间歇性发作的疼痛史，多数呈阵发性，亦可为持续性疼痛，疼痛轻时，可能仅表现为腰部酸胀或不适，劳动可使疼痛发作或加重。肾结石绞痛是严重刀割样痛，常突然发作，疼痛常放射至下腹部、腹股沟、大腿内侧，女性放射至阴唇部位。肾绞痛发作时，病人呈痛苦面容，缩卷在床，双手紧压腹部或腰部，甚至在床上翻滚，呻吟不已。可持续几小时，也可几分钟即缓解。
血尿是肾石病另一主要症状，疼痛时，常伴发肉眼血尿或化验出现镜下血尿。有些病人尿中可排出砂石，或解不出小便，或出现尿频尿急、尿痛等症状。