同葡萄球菌引起的肾皮质脓肿一样，大肠杆菌感染所致的肾皮质髓脓肿有时也仅需抗生素治疗，而不必引流。急性局灶性细菌性肾炎并轻度液化且局限于肾实质的小脓肿也一般不必引流。但对病情严重者需作肾切除治疗。
进行抗生素治疗时，开始可选用氨苄青霉素（1g，静脉注射，4～6小时1次），或先锋霉素V（1g，静脉注射，每8小时1次），在治疗时可与氨基糖甙类联合用药，庆大霉素或妥布霉素（1mg/kg）静脉注射，8小时1次，如果肾功能减退则适当调整剂量。在用药过程中根据临床疗效或药敏试验结果，联合用药或作适当的调整。症状减轻，热退48小时以后或影象检查证实病情好转者，可改为口服或肌注。