(一)发病原因 嗜酸性粒细胞性膀胱炎的病因尚不清楚。但多认为与各种刺激，例如细菌、药物、异体蛋白及食物性变应原等有关。这些变应原作为免疫刺激物，在膀胱形成免疫复合物，导致嗜酸细胞浸润，破坏膀胱组织，继而引起溶酶体释放，使膀胱炎症进一步加重。可能与本病有关的食物性变应原包括：桔子、西红柿、巧克力、茶、咖啡、可可、牛奶、多种佐料等。有的病人发现，在饮食中停用上述食物和饮料，其症状明显减轻，发作次数明显减少。可能与之有关的药物有磺胺药、双香豆素钠、水杨酸钠等。另外，避孕套、阴道栓和杀精子胶冻均可为接触性变应原。血吸虫卵沉积于膀胱壁，可形成血吸虫性嗜酸性肉芽肿。药物和食物性变应原易导致弥漫性膀胱炎，而寄生虫引起的损害则为局部性。
(二)发病机制 膀胱黏膜红斑、水肿、溃疡、天鹅绒样改变。如为增生性损害时可类似乳头状瘤和葡萄状肉瘤，有时见有黄豆粒或绿豆粒大小的结节，或呈细颗粒状突起。输尿管下端受累变窄，可引起双侧肾输尿管积水。活检发现纤维化、局部坏死，膀胱全层有大量嗜酸细胞浸润，有的为膀胱嗜酸性肉芽肿。
