本病应注意与病毒性肺炎或支原体肺炎相鉴别。
病毒性肺炎临床症状和体征多变，可表现为气喘、发热、呼吸频率增快，咳嗽、咳痰少见，病毒性肺炎患者与细菌性肺炎患者相比，年龄更大、合并心脏基础疾病更常见。然而，病毒性肺炎与细菌性肺炎的临床症状和体征多有重叠，至今仍然没有发现可靠的临床特征能够提示病毒感染。
肺炎支原体肺炎是由肺炎支原体引起以间质病变为主的急性肺部感染，由于此类肺炎在临床表现上与肺炎链球菌等常见细菌引起的肺炎有明显区别，且β-内酰胺类抗生素和磺胺类药物等治疗无效，因此临床上又将其与嗜肺军团菌、肺炎衣原体及立克次氏体等其他非典型病原体引起的肺炎统称为“原发性非典型肺炎”。近年来发现非典型病原体尤其是炎支原体已经是社区获得性肺炎的主要致病菌。