原发性胃淋巴瘤的病因尚不清楚有学者认为可能于某些病毒的感染有关;恶性淋巴瘤病人被发现有细胞免疫功能的低下，故推测可能在某些病毒的感染下，出现细胞免疫功能的紊乱和失调而导致发病另外胃淋巴瘤起源于黏膜下或黏膜固有层的淋巴组织，该处组织不暴露于胃腔不直接与食物中的致癌物质接触因此其发病原因与胃癌不同，因而更可能与全身性因素引起胃局部淋巴组织的异形增生有关。
原发性胃淋巴瘤与幽门螺杆菌(Hp)感染的关系受到广泛关注。Parsonnet等发现原发性胃淋巴瘤包括胃黏膜相关性淋巴样组织(mucosa-associated lymphoid tissueMALT)患者其HP感染率为85%，而对照组仅为55%提示HP感染与胃淋巴瘤的发生相关临床微生物学与组织病理学研究表明胃黏膜MALT的获得是由于HP感染后机体免疫反应的结果。HP的慢性感染状态刺激了黏膜内淋巴细胞聚集，由此而引发的一系列自身免疫反应激活免疫细胞及其活性因子如IL-2等造成了胃黏膜内淋巴滤泡的增生为胃淋巴瘤的发生奠定了基础MALT的发生与HP感染有关而根除HP的治疗能使MALT消退，引起了人们的关注Bayer-dorffer E等报告对33例同时有原发性低度恶性MALT淋巴瘤的HP胃炎病人进行了根治HP的治疗，结果发现80%以上的病人在根除HP感染后肿瘤可完全消失。而进展期肿瘤或向高度恶性移行的肿瘤对治愈HP感染无反应进而提示原发性低度恶性MALT淋巴瘤的发展可能与HP慢性感染有关但单纯根除HP治疗对于胃MALT淋巴瘤的远期疗效尚待长期随访研究。关于胃酸低下或缺乏与胃淋巴瘤的关系仍不确定。
