随着病毒学研究特别是组织细胞培养，血及脑脊液感染病原学检测技术的发展，现已明确，本病大多数为肠道病毒感染，其次为腮腺炎病毒及淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒，少数为疱疹性病毒包括单纯疱疹病毒及水痘带状疱疹病毒。
此外，传染性单核细胞增多症病毒(Epstein-Barr virus, EBV)及巨细胞病毒(cytomegalovirus)等病毒偶可导致本症。
肠道病毒(enterovirus)是一种最小的无被膜RNA病毒，可在污水中较长时期生存，人类为肠道病毒的天然宿主，肠道病毒一旦进入人体可以进入细胞胞质并破坏及杀死细胞，肠道病毒一般分为3种，即脊髓灰质炎病毒(poliovirus)，柯萨奇病毒(coxsackievirus)及埃可病毒(ECHO virus)，此外，还有尚未分类的肠道病毒，而这几种肠道病毒均有许多亚型，如柯萨奇病毒有A型及B型，但两型均可引起病毒性脑膜炎，并偶可引起脑炎及急性小脑性共济失调，埃可病毒可在正常粪中经细胞培养分离出来，一般并不致病，埃可病毒有30余种血清型。
