胃肠型需与其他病原引起的腹泻相鉴别，败血型与伤寒引起发热相鉴别。
1.腹泻是一种常见症状，是指排便次数明显超过平日习惯的频率，粪质稀薄，水分增加，每日排便量超过200g，或含未消化食物或脓血、粘液，腹泻常伴有排便急迫感、肛门不适、失禁等症状，腹泻分急性和慢性两类。急性腹泻发病急剧，病程在2～3周之内，慢性腹泻指病程在两个月以上或间歇期在2～4周内的复发性腹泻。
2.伤寒是由伤寒杆菌引起的急性肠道传染病，以持续的菌血症与毒血症，单核吞噬细胞系统的增生性反应，以回肠下段淋巴组织为主的增生、肿胀、坏死与溃疡形成为基本病理特征，典型的临床表现包括持续高热，全身中毒性症状与消化道症状、相对缓脉，玫瑰疹、肝脾肿大，白细胞减少，本病又称为肠热病。
