主要为病原治疗。首选药物为甲氧苄啶(甲氧苄氨嘧啶)加磺胺甲恶唑(磺胺甲基异恶唑)，其疗效与喷他脒(戊烷脒)相仿，但不良反应及副作用较少见，表现为皮肤过敏与胃肠道反应。亦有主张用磺胺甲恶唑(SMZ) 2周后减为半量，再用2周后再减为1/4量，连用2个月，有效率达75%。在应用免疫抑制药的高危患儿中可用此药进行化学预防。支持疗法包括应用人血丙种球蛋白，可以增强免疫力。必要时吸氧。如在应用肾上腺皮质激素过程中发生此病，则需减量或停药。为预防此病在高危患儿中交叉感染，最近主张进行呼吸道隔离，直至治疗结束。
