1.癫痫 虽然癫痫大发作也有肌张力、身体姿势和皮肤颜色的改变，但肌张力和身体姿势的改变在先，皮肤颜色改变在后。最重要的鉴别是EEG有异常的特征。此外，头部外伤所引起的癫痫可出现肌阵挛性抽搐，发作过后，患儿昏昏沉沉的时间较屏气发作的小儿长，而且在发作前无明显的诱因、无啼哭，皮肤颜色改变在抽搐之后。
2.直立性晕厥 为自发性的，发作时无啼哭，常在体位突然发生改变或环境因素下如温度升高、突然遇到害怕的事物、看到出血的情景而发生。其发作往往很突然，并伴有肌张力的丧失，发作时，患儿尽力免使自己跌倒，如置小儿于平卧位即恢复。
3.窒息 小儿因缺氧窒息或造成意识丧失和肌张力的变化。中枢性窒息表现当胸壁运动或用力呼吸时，无呼吸性的通气。其发作常常是无任何诱因、突然性的。正常婴儿或脑干有病变的患儿均可发生。窒息可发生在清醒和睡眠中，而屏气发作仅发生于清醒时，这点可作鉴别。
4.胃食管反流 某些胃食管反流的患儿可引起反射性的窒息，这是一种因反射性的神经通路所造成的窒息。患儿因咽部受刺激，该刺激通过感觉传入神经将信号传递至脑干，然后又通过自主传出神经回到呼吸肌，产生类似于屏气发作的症状，但两种的诱因完全不同。