1.CVID可能的分子遗传学机制 虽然大多数CVID患儿为散发病例，但也有部分病例有家族史，特别是与选择性IgA缺陷患者发生于同一家庭。推测CVID和选择性IgA缺陷病是由于某个或某几个基因突变或缺失所致，只是目前尚不能明确而已。
(1)第6对染色体：MHCⅢ补体基因C4A基因缺乏，并常有特殊的HLA或TNF-α基因多态性;MHCⅡ的DQ位点多态性与该病有关，可能是其候选基因组。
(2)第9对染色体：PAX5基因编码B细胞-特异性活化蛋白(BSAP)，影响免疫球蛋白的类别转换;该基因失活可致小鼠免疫球蛋白缺陷，尚无资料表明也引起人类疾病。
(3)第18对染色体缺失可发生CVID。
2.B细胞缺陷。
3.T细胞缺陷 许多CVID的发病与T细胞功能缺陷密切相关，包括T细胞对B细胞的辅助不足或对B细胞的直接抑制。25%～30%的病例CD8+T细胞增多或CD4+T细胞减少，CD4/CD8 T细胞比值下降。超过1/3的患者血清IL-4、IL-6、neopterin和可溶性CD8分子升高，IL-10水平可能下降。大约40%的患者T细胞表达CD40配体(CD40L，gp39)明显下调，可能与其发病机制有关。