1.非药物急性肾小管坏死 药物性肾损害以急性肾小管坏死最为常见，须与其他原因导致的急性肾小管坏死相鉴别，如有明显用药史，用药过程中或用药后肌酐清除率较正常下降50%以上，B型超声显示双肾增大或正常，在除外肾前性与肾后性氮质血症应考虑药物性肾小管坏死。
2.急性肾功能衰竭 药物所致急性肾功能衰竭应与由急性肾小球肾炎，急进性肾炎，原发性肾病综合征及狼疮性肾炎及小血管炎相关性肾炎所致的急性肾衰相鉴别，其鉴别要点是，上述非药物性急性肾衰均有肾小球滤过率下降的共同表现，但各自还有原发病的特征性表现，病理变化也具有相应特点，肾脏损害多发生于使用药物之前。
3.急性间质性肾炎 药物性急性间质性肾炎有可疑的过敏药物合用史，有全身过敏表现，尿检可见无菌性白细胞尿，其中嗜酸性粒细胞占1/3和(或)蛋白尿，肾功能检查肾小球滤过功能在短期内出现进行性下降，伴近端和(或)远端肾小管功能的部分损伤，血中IgE升高有助于诊断，肾活检有助于确诊。
4.急性肾小球肾炎 药物性肾损害有时可表现为急性肾炎综合征，出现蛋白尿，血尿，血压升高及水肿，与急性肾小球肾炎临床表现相似，有时难以鉴别，但急性肾炎常出现于感染后，而药物性肾损害多有明确的用药史。
5.良性小动脉性肾硬化 一些药物如止痛剂的肾损害进展相对缓慢，临床表现有轻度蛋白尿，尿浓缩功能减退和血压升高，与高血压引起的良性小动脉性肾硬化易于混淆，但良性小动脉性肾硬化先有高血压病史，起病缓慢，高血压病史5～10年后才出现肾损。