1.病原菌 主要的深部真菌病有念珠菌病、曲菌病、组织胞浆菌病、球孢子菌病、孢子丝菌病、毛菌病、着色真菌病、隐球菌病及芽生菌病等，其中以白色念珠菌最常见，致病力最强。此外社区获得性的肺部真菌感染已经成为一个非常严重的问题，特别是在鉴别诊断社区获得性肺炎时，应考虑该病。曲霉菌在自然界广泛存在，是继念珠菌后第2位的人类机会性真菌感染。曲霉菌感染的途径主要是呼吸道，肺脏是最常见的病变部位。条件致病性真菌占重要地位。
2.促发因素 真菌对呼吸道的感染途径大致有两种，一种是原发的吸入感染;另一种是条件致病。促使念珠菌病发生的因素有：
(1)早产儿、新生儿、营养不良儿及虚弱患儿。
(2)慢性消耗性疾病如恶性肿瘤。
(3)影响免疫功能的网状内皮系统疾患及血液病如白血病、粒细胞缺乏症、再生障碍性贫血等。
(4)代谢紊乱性疾病如糖尿病及肾功能衰竭。
(5)长期使用肾上腺皮质激素及其他免疫抑制药，引起机体免疫功能低下。
(6)先天性免疫功能缺陷。
(7)长期使用广谱抗生素，抑制了肠道内制止念珠菌繁殖的微生物，使菌群平衡失调。
(8)长期应用静脉高营养病人。
(9)医院内因污染的器械(如较长期留置的各种导管)而感染。
(10)获得性免疫缺陷病(艾滋病，AIDS)。全身播散性念珠菌病过去罕见。目前由于临床应用免疫抑制药和静脉高营养日益增多而较前常见。慢性黏膜念珠菌病可单独发生或见于甲状旁腺功能低下或艾迪生病人。