青春期发育迟缓不仅会影响孩子的生长，还可能影响孩子长大后的生育功能。由于性腺不能正常工作，男性的睾丸不能产生精子或产生的精子很少，女性则无法产生卵子。性激素的长期缺乏还导致其他内分泌代谢异常，如钙吸收不良，糖、脂代谢异常，胰岛素抵抗等，进而导致骨质疏松、糖尿病、高脂血症、高血压等，还有引发心血管疾病的潜在危险。
虽然青春期发育迟缓的孩子面临重重风险，但如果接受及时、科学的治疗，则不仅能让患儿发育到接近正常孩子的水平，还能让很多患者生育自己的孩子。目前，针对此类患者的治疗目的有恢复性功能，提高生活质量;促进并维持第二性征的发育;提高骨密度，预防骨质疏松;改善成人生长激素缺乏;降低心血管疾病发生的风险;恢复生育能力等。治疗手段为激素替代疗法，包括微量泵脉冲输注促性腺激素释放激素疗法、促性腺激素治疗以及性激素替代治疗。
最初，由于对青春期发育迟缓的认识不足、诊断方法不先进，因此患者治疗的开始时间晚，一般要在16岁以后才开始治疗。随着人们对本病的认识不断增加，目前临床上，如果在五六岁时发现患者的嗅觉能力差、睾丸和阴茎偏小、骨龄落后，就应考虑在密切监测下开始治疗，帮助患者赶上同龄人的发育速度。