引起消化不良的原因很多，包括胃和十二指肠部位的慢性炎症，使食管、胃、十二指肠的正常蠕动功能失调。患者的精神不愉快、长期闷闷不乐或突然受到猛烈的刺激等均可引起。胃轻瘫则是由糖尿病、原发性神经性厌食和胃切除术所致。
老年人的消化功能减退，易受情绪影响，有时食物稍粗糙或生冷及食物过多过油腻时也可诱发。
值得强调的是，一般在家中自我治疗的轻型消化不良，大都由于情绪不好、工作过于紧张、天寒受凉或多食不易消化食物所引起，仅有轻微的上腹不适、饱胀、烧心等症状。
消化不良可由特发性、先天性、炎症性、传染性或胰腺疾病所致，也可继发于多种全身性疾病。如乳糜泻为麸质敏感性肠病，是原发性肠道吸收不良综合征。因小肠粘膜缺乏某种肽酶，不能把麸质代谢产物α麸蛋白彻底分解，而麸蛋白对小肠粘膜有强烈损害作用。进食的麸质在肠粘膜局部刺激lgA抗体产生，而且可与lgA形成抗原-抗体原复合物，沉积于肠粘膜，在补体参与下发生变态反应，引起肠粘膜损伤。吸收不良综合征包括热带性和非热带吸收不良综合征，及小儿乳糜泻。流行于热带地区的吸收不良综合征，以慢性脂肪泻、多种营养素缺乏，口炎、巨幼红细胞性贫血为特性，抗生素治疗有效;而小儿乳糜泻和非热带性吸收不良综合征病人，主要是不能耐麸质而引起吸收不良综合征。
