巨大的肝细粒棘球蚴病应采取手术摘除。手术前后应服用阿苯达唑治疗，以杀死原头蚴，可防止播散与复发。手术时先抽尽囊液，切开囊腔取尽子囊，并将内囊摘除。手术时不宜注射甲醛溶液，因为有并发硬化性胆管炎的可能。肺包虫囊亦采用内囊摘除术，如果囊肿较大，并发支气管扩张等可做肺叶切除术。肝与肺包虫囊手术时均应防止囊液大量外漏，以免产生过敏性休克。
药物治疗：20世纪70年代后期采用的甲苯达唑，现已被阿苯达唑所替代。动物实验证明，它有杀死原头蚴作用外，并可破坏生发层。本药对不能手术治疗患者有一定疗效，其主要适应证为：①播散性继发腹膜与胸膜多发性包虫囊肿。②多器官(肝、肺、脑)或同一器官多发性包虫囊患者。③肺或肝包虫囊患者手术后复发不能耐受或拒绝再次手术者，阿苯达唑治疗细粒棘球蚴病的效果受多种因素的影响，尤其与包虫囊肿大小、囊壁厚薄有密切关系，对病程短、早期、小的壁薄的包虫囊的效果较好。因此，防治包虫病应强调流行区人群采用肝B超普查，发现早期患者，及时治疗，可能减少或避免外科手术。阿苯达唑的最适合治疗剂量与疗程有待探索。一般采用20mg/(kg·d)，分2次服用。治疗期限应根据包虫囊肿大小(B超扫描随访)，以连续服用1年或以上为宜。本药副作用少而轻。长期服用对肝、肾、心与造血器官均未见显著损害，偶有引起可逆性白细胞减少与一过性血清丙氨酸转氨酶升高。该药的动物试验证明有胚胎毒与致畸作用，故孕妇禁忌。