引起脓肿的病原菌多数来自胃肠道，其中大肠杆菌，厌氧菌的感染约占40%，链球菌的感染占40%，葡萄球菌感染约占20%。但多数是混合性感染。其脓肿形成的部位取决于感染的器官来源。
1.左膈下脓肿 多因门静脉高压症脾切除术或分流、断流手术后，脾区渗液、渗血、细菌感染;或者胃癌根治术、胃肠外伤，阑尾穿孔弥漫性腹膜炎，腹部肿瘤手术后左膈下间隙积液、积脓;出血坏死性胰腺炎非手术或手术引流后。
2.右膈下脓肿 多因胃、十二指肠溃疡穿孔，弥漫性腹膜炎手术后，肝癌、肝脓肿和肝胆外伤手术后，胆道、胆囊手术后，十二指肠、胃手术后污染、感染、脓液、渗液、胆汁、肠液积聚于肝上、肝下间隙，形成包裹性脓肿;也有阑尾穿孔、弥漫性腹膜炎或胃肠外伤所引致。