1.病原体因素
(1)特殊病原体感染特别是结核病或非结核分枝杆菌肺病、病毒性肺炎、真菌性肺炎和肺寄生虫(原虫)病。某些地域性感染性疾病或传染病包括人畜共患病可以出现肺部病变，应特别重视流行病学史。在我国目前存在的问题是对病毒性、真菌性肺炎诊断技术滞后和对肺结核病、肺吸虫病等警惕性不高，常易导致误诊和漏诊。
(2)细菌耐药其确认有赖于精确的细菌学诊断和耐药性测定。可能产生耐药的临床参考因素包括：6个月内抗生素治疗史、1年内肺炎病史、3个月内住院史、医院获得性肺炎等。
2.宿主因素
基础疾病(COPD、糖尿病、酒精中毒等)和多种原发或继发性免疫受损都可能造成肺炎消散迟缓、不消散或进展。
3.治疗不当
药物选择不当和剂量不足是影响肺炎疗效及吸收速度的最重要因素之一。青霉素治疗肺炎链球菌肺炎和磺胺甲恶唑 (SMZco)治疗卡氏肺孢子虫肺炎不能按常规剂量，否则即会造成剂量不足。氨基糖苷类抗生素穿透肺组织能力差，在治疗铜绿假单胞菌肺炎时可能仍需按传统剂量方案，一天剂量一次使用在肺炎患者尚缺少研究。此外，药物不易到达局部病灶，特别是肺脓肿和脓胸，保证有效引流十分重要。应予积极治疗，倘若由于治疗不当致肺炎吸收缓慢，应视病原体和抗菌药物的抗菌谱、抗菌活性、药动学/药效学特点合理选择药物和拟定合理给药方案。如果抗菌化疗足够和有相当充分理由预计细菌已经大部分被杀灭，试用红外线等物理治疗，有可能减少残留病灶。