本病多见于早产儿，大多数患儿有羊水过多史，隔膜孔大足以通过食物可无症状，隔膜孔小或继发炎症引起黏膜水肿使孔狭窄则可引起梗阻症状，生后不久即出现呕吐，吃奶后即吐，呈喷射性，含乳汁和乳凝块，无胆汁和血液，呕吐常呈间歇性伴有食欲减退、体重减轻，一般低于标准体重10%～15%，有的甚至低25%～40%以上，进食后哭闹、烦躁，呕吐后缓解，呕吐顽固则可出现脱水、碱中毒、营养不良，体检上腹部膨隆，可有胃形有胃蠕动波，中下腹平坦，隔膜无孔(完全闭锁)时则较早出现高位梗阻症状，如为两个隔膜则被隔离的胃下部和十二指肠上部膨胀，充满分泌物，形成一个囊性肿物，在上腹部可触及。