1、先天性心脏病：先天性畸形中最常见的一类。轻者无症状，查体时发现，重者可有活动后呼吸困难、紫绀、晕厥等，年长儿可有生长发育迟缓。患此病几率高达40%，尤其是心内膜不全比例较高，通常如果不进行早期治疗会有致命危险。
2、消化器官畸形： 如先天性食道闭锁症(先天性食道闭锁的胎儿在宫内不能吞咽羊水，因此常有羊水过多，约半数先天性食道闭锁的患儿同时伴有其他先天畸形)，十二指肠狭窄(临床以呕吐为主要症状，多在出生后4天～1个月发生，每天只呕1～2次，也可数周数月不呕吐。呕吐物多含胆汁，很少含血液。大便次数和性质均可正常，当呕吐严重时可出现中或重度便秘。上腹胀轻重不等，重者可见胃蠕动波，有振水声)，锁肛(直肠下端与外界不相连接)等。
3、白内障： 视物模糊，可有怕光、看物体颜色较暗或呈黄色，甚至复视(双影)及看物体变形等症状。患病率为2%。
4、急性白血病： 比一般增高10～30倍。患病率为1% 。
5、此外，因免疫功能低下，易患各种感染(浸出性中耳炎： 容易在内耳积蓄液体引发耳炎，影响听觉)，尚可见伴发眼异常(由角膜，水晶体异常引发近视，远视，散光等)、眼震、气管食管瘘、脐疝、十二指肠闭锁，甲状腺病等，偶见癫痫发作、一时性骨髓异常增生症。环轴间接不稳定性，患病率2-3%。男性常为隐睾。