下咽癌的病因仍不清楚，可能与下列综合因素有关。
1.吸烟 长期大量吸烟可导致呼吸道癌肿已成共识。在烟草燃烧时所产生的烟草焦油中的苯骈芘有致癌作用，吸烟可导致染色体畸变。下咽癌的病人中大多数都有长期吸烟的病史，而且吸烟的量较大，不少病人还同时酗酒。酒不仅能刺激黏膜，诱发黏膜上皮营养不良，而且有促进烟的致癌作用。
2.营养不良 缺血性贫血常导致喉咽部黏膜变化，如黏膜变薄，黏膜生发层表皮钉突消失，细胞内糖原减少或缺乏，咽、食管黏膜广泛萎缩，咽下困难，出现Plummer-Vinson综合征。本征一般发生于低血红蛋白性贫血的中年妇女，主要特征为口角裂开或裂缝，舌痛伴丝状乳头、继以蕈状乳头萎缩，并因食管狭窄或食管蹼而致咽下困难。国外文献报道，Plummer-Vinson综合征患者易发生环后癌。
3.病毒感染 在一定的条件下，EB病毒、人类乳头状瘤病毒都可能引起咽喉部黏膜的癌变。
4.某些维生素或微量元素的缺乏、某些工业性或职业性损害、环境污染等，都可能成为促癌因素。