因子ⅩⅢ缺乏的出血表现通常比较严重，特别是在儿童期即可能发生致命性的脐带出血和中枢神经系统出血。在80%的未接受治疗的患者中可能发生脐带出血，而中枢神经系统出血的比率也高达30%。在包括血友病 A和血友病B在内的所有的凝血因子缺乏中，因子ⅩⅢ缺乏发生严重出血的概率最高，因此，因子ⅩⅢ缺乏也最容易被发现和早期诊断。
根据病史，临床表现和实验室检查对本病的诊断并不困难。由于所有凝血筛选试验均正常，与其他出血性疾病的鉴别也不困难。与先天性α2-抗纤溶酶缺乏症和先天性纤溶酶原激活物抑制剂-1(PAI-1)缺乏症鉴别，这两种病均是比第ⅩⅢ因子缺乏症更少见的出血性疾病，也呈常染色体隐性遗传，出血症状也与第ⅩⅢ因子缺乏症相似，但均存在纤溶亢进，纤维蛋白原降低;鉴别也不困难。临床治疗有助于鉴别。对第ⅩⅢ因子缺乏症患者必须输注血液制品才有良好疗效，单用抗纤溶药如6-氨基己酸疗效不好。而后两种病使用这类药物效果良好。