重症肌无力可合并甲状腺功能亢进、桥本病、糖尿病等。还可有各种自身免疫性疾病，如结节性动脉炎、硬皮病、皮肌炎、Sjögren综合征等。眼部并发症如非典型视网膜变性等，比较少见。