1、慢性细菌性痢疾
常有急性细菌性痢疾史，粪便检查可分离出痢疾杆菌，结肠镜检查取粘液脓性分泌物培养的阳性率较高，抗菌治疗有效。
2、阿米巴肠炎
主要侵袭右结肠，也可累及左侧结肠，结肠溃疡较深，边缘潜行，溃疡间粘膜多正常，粪检多可找到阿米巴滋养体/包裹，抗阿米巴治疗有效。
3、血吸虫病
有疫水接触史，常有肝脾大，粪检查可发现血吸虫卵，孵化毛蚴阳性。直肠镜检查在急性期可见粘膜黄褐色颗粒，活检粘膜压片或组织病检可发现血吸虫卵。
4、Crohn Disease
5、大肠癌
见与中年以后，经直肠指检可触及肿块，结肠镜及X线钡剂灌肠检查对诊断有价值。
6、IBS
粪便有粘液但无脓血，显微镜检正常或仅见少量白细胞，结肠镜检查无器质性病变证据。
(1)肠结核，肠结核病变主要涉及回盲部，有时累及临近结肠，但不呈节段分布，瘘管及肛门直肠周围病变少见;结核菌素试验阳性。
(2)小肠恶性淋巴瘤，原发性小肠恶性淋巴瘤往往长时间内局限在小肠和(或)临近肠系膜淋巴结，部分患者肿瘤可呈多灶性分布，如X线检查见小肠结肠同时受累，节段性分布，裂隙状溃疡，鹅卵石征，瘘管形成等有利于Crohn病诊断;若检查见一肠段内广泛侵蚀，呈较大的压指痕或充盈缺损，B超或CT检查肠壁明显增厚，腹腔淋巴结重大较多支持小肠恶性淋巴瘤诊断，必要时可手术探察。