由于胰腺结石导致的胰腺损害较为明显，故易于引起一系列的并发症，如糖尿病、胰腺癌等。最常见的并发症有下列几方面。
良性并发症
糖尿病最为多见，以及因糖尿病而造成的心肌病变、肾脏病变、视网膜病变、闭塞性动脉硬化症等。有时亦可发生肝脏病变和消化性溃疡。
周围脏器的症状
胰腺肿大或纤维化的硬结压迫胆总管、脾静脉，或导致脾-门静脉血栓形成而出现继发性门静脉高压，可为区域性高压，可为全身性，当视血栓形成所波及的范围。
恶性并发症
胰石症的恶性并发症一种是胰腺本身，另一种为胰腺以外的恶性肿瘤。胰石症与胰腺癌的关系极为密切。一般是胰结石在先而后发生胰癌。并发胰腺癌者多为大结石。约半数为胰头部。合并胰腺癌的发病率各家报道不一。欧美文献记载为3.6～25%，日本小口寿夫报道例胰结石并发胰腺癌31例(占14.8%)。日本的一般报道为5.3%～10%。