肛窦炎
直肠炎在没有及时治疗的时候，可能引发肛窦炎等肛肠病，并有继发肛周脓肿的危险。
肠狭窄
很多都发生在病程持续长达5-25年以上的患者，一般无症状征兆，严重时会引起肠阻塞，在本病出现肠狭窄时，要警惕肿瘤，及时鉴别良性恶性，才可对症治疗。
肠息肉、结肠恶变
直肠炎超过五年，肠道溃疡面会在炎症的长期刺激下容易异常增生，引发肠息肉，一厘米以上肠息肉恶变率极高。
肛管炎
这是最常与直肠炎并发的疾病，常与直肠炎并称为肛管直肠炎，肛管炎久拖不治亦有恶变危险。
缺铁性贫血
便血是本病的主要临床表现之一，便血的多少也是衡量病情轻重的指标.长期慢性出血可引起缺铁性贫血。