菌痢的预防应采取综合措施，重点是切断传播途径，同时做好传染源的管理。
1.管理传染源 主要是对急、慢性患者及带菌者。依靠农村合作医疗站及城市医疗单位，组织疫情报告，早期发现患者，特别对轻症不典型病，进行详细登记以便及时治疗。急性患者应住院或在家中进行隔离、消毒和彻底治疗，隔天1次大便培养，连续2次阴性才可解除隔离。对从事托幼机构、饮食食品行业、食堂炊事人员及自来水厂给水工作人员，必须定期进行大便培养。
2.切断传播途径 做到：“三管一灭”(即抓好饮水、饮食、粪便的管理，灭蝇);“四要三不要”(要彻底消灭苍蝇，饭前便后要洗手，生吃蔬菜水果要洗烫，得了菌痢要及早报告治疗，不喝生水，不吃腐烂不洁的食物，不随地大小便)。灭蝇要防止滋生地形成，根据苍蝇消长的规律，制定全年的灭蝇措施。要特别注意儿童机构及集体单位中菌痢的传播。必须严格贯彻各种卫生制度，如对食具、食物、居室、活动场所及儿童玩具的卫生制度。经常检查集中供水的水质是否合乎卫生要求，农村中井水和河水的水质应特别予以注意。实践证明，除四害、讲卫生、净化环境是切断传播途径的有效措施。
3.保护易感人群 近年来主要采用口服活菌苗，一般采用三种菌苗：①自然无毒株;②有毒或无毒痢疾杆菌与大肠杆菌杂交的菌株;③变异菌株。目前国内主要采用变异菌株，即使用依链株制备疫苗(在含链霉素的培养基上才能生长繁殖的变异无毒株)。我国试制的单价或双价疫苗在36个现场进行了数万人次的观察。证明有较好的效果，保护率为66.41%～99.47%。活菌苗主要通过刺激肠道产生分泌性IgA及细胞免疫而获得免疫性，免疫期可维持6～12个月，少数人服用后可出现腹泻。由于志贺菌属免疫有型的特异性，有时出现不同于所用菌苗的菌型流行，则无保护作用。有些地区在流行过程中，因地制宜，采用中草药预防，如大蒜、马齿苋等口服，也有一定效果。
4.操作食品前应彻底洗手.脏衣和床单应放在带盖的桶内用肥皂水浸泡然后再煮沸消毒.房屋应使用蚊帐纱和屏障.对病人和带菌者应采取相应的隔离措施(特别是对粪便的隔离).一种口服活疫苗正在开发,在流行区的现场试验表明前景看好,但免疫性一般是型特异的.
5.个人卫生方面，喝开水不喝生水，最好使用压水井水，用消毒过的水洗瓜果蔬菜和碗筷及漱口;饭前便后要洗手，不要随地大便;吃熟食不吃凉拌菜，剩饭菜要加热后吃;做到生熟分开，防止苍蝇叮爬食物;最好不要参加大型聚餐活动，如婚丧娶嫁等;得病后要及时就医治疗。