抗真菌素有多种，但国内外以制霉菌素应用最广，其有抑菌和杀菌的作用，它与真菌细胞膜的类固醇结合，改变膜的通透性，致成钾、钠、镁漏出，导致菌体缩小和细胞膜内氨基酸丢失以致死亡。制霉菌素肠道吸收很少，不会引起菌群失调。还有氟胞嘧啶(5-氟胞嘧啶)和咪唑衍生物如克霉唑也可治疗念珠菌感染。前者脱氨后渗入RNA，破坏菌体蛋白质合成，肠道吸收，副作用小。后者使真菌细胞质溶解，抑制其生长。常规治疗，一般持续10天，若症状未完全消失尚可延长，通常治疗后症状可迅速改善，X线及内镜下改变1周左右即可完全恢复，不留后遗症。如有全身性真菌感染，可选用两性霉素B静注，其副作用大，小心慎用，注意毒性反应。在治疗上尚应积极设法消除诱因，特别是合理应用抗生素和皮质激素。
