药物流产20天后仍有褐色分泌物，与宫腔残留、子宫复旧不全、盆腔炎等因素有关，一旦查明原因，可在医生指导下通过使用药物、进行清宫术等方法治疗。

1.宫腔残留：药物流产可能会出现胚胎组织不能完全排出的情况，即使在服药后看到有孕囊排出，仍可能有部分胎膜、蜕膜等组织残留在宫腔内，这些残留组织会影响子宫的正常收缩，导致子宫持续出血，表现为褐色分泌物。如果残留组织较大，或者经过药物治疗后残留组织仍不能排出，可能需要进行清宫术。

2.子宫复旧不全：药物流产后，子宫需要通过收缩来恢复到正常大小和状态。如果子宫收缩乏力，可能是由于流产后过度劳累、营养不良或者子宫本身的因素等，使得子宫不能有效地收缩，宫腔内的血管不能及时闭合，从而导致阴道出血时间延长。建议遵医嘱使用戊酸雌二醇片、益母草颗粒等药物进行治疗，促进子宫恢复。

3.盆腔炎：药物流产后感染也可能蔓延至盆腔，引起盆腔炎。除了有褐色分泌物外，还会出现下腹部坠胀、疼痛，疼痛常在性交、活动后加重，以及腰骶部酸痛等症状。建议在医生指导下使用头孢呋辛酯片、甲硝唑片等药物进行治疗。

此外，在恢复期间要注意休息，避免剧烈运动和重体力劳动。保持外阴清洁干燥，勤换内裤。饮食清淡易消化，避免辛辣刺激性食物。保持良好的心态，避免过度紧张和焦虑。