月经第三天进行性激素六项检查是可行的，这一做法在医学实践中被广泛接受。性激素六项通常包括促卵泡生成素、黄体生成素、雌二醇、孕酮、睾酮和催乳素，这些指标对于评估女性的生殖内分泌状态具有重要意义。

首先，月经周期的不同阶段，女性体内的激素水平会发生变化。在月经周期的早期，即月经来潮后的第3-5天，进行性激素检测可以较为准确地反映卵巢的基础功能状态。此时，卵泡生成素和黄体生成素的水平较低，而雌二醇的水平也处于基础状态，这有助于医生判断患者的卵巢储备情况以及是否存在内分泌失调等问题。

其次，月经第三天进行性激素六项检查，可以为诊断多囊卵巢综合征、早发性卵巢功能不全等疾病提供重要依据。例如，若卵泡生成素水平异常升高，可能提示卵巢功能减退。若黄体生成素与卵泡生成素的比值异常，可能是多囊卵巢综合征的一个标志。

此外，对于计划进行辅助生殖技术的女性，月经第三天的性激素水平检测对于评估卵巢反应性和制定个性化的治疗方案至关重要。

然而，任何医学检查都应在医生的指导下进行，结合个体的具体情况和医生的专业判断，才能得出准确的诊断和合理的治疗方案。