肺栓塞复发引起肩膀疼痛的原因可能有以下几种：
1. 肺栓塞导致肺动脉压力升高，从而引起右心室负荷增加，肩膀疼痛可能是由于右心室扩张和压力增加引起的。
2. 肺栓塞可能导致肺组织缺血缺氧，从而引起肩膀疼痛。缺血缺氧可能会导致肌肉痉挛或神经痛。
3. 肺栓塞可能导致肺动脉痉挛，从而引起肩膀疼痛。肺动脉痉挛可能会导致肺动脉压力升高，从而引起疼痛。
4. 肺栓塞可能导致肺部炎症反应，从而引起肩膀疼痛。炎症反应可能会导致肌肉痉挛或神经痛。
总之，肺栓塞复发可能会引起肩膀疼痛，具体原因可能与心血管系统、肺部组织缺血缺氧、肺动脉痉挛和炎症反应等因素有关。