首先要说的是一般做胃镜或者肠镜前医院通常要求预约，然后会让病人做HCV,HBV,HIV以及梅毒等筛查，（乙肝丙肝艾滋病和梅毒的筛查），做这个检查的目的就是为了对检查对象心里有底，从而安排检查顺序避免患者之间交叉感染。
建议，只要是正规医院，做肠镜肯定会对器械进行消毒，这个你应该可以放心，即使是一套设备，中间肯定有间隔时间，使用一些强效的消毒剂，一般5-10分钟甚至更短时间上述病毒及病原体就会丧失传染性或者彻底被杀死。室温下血液中（只要血液不干涸）HIV可存活96小时以上，在干燥的情况下HIV离体一般两小时丧失传染性，阳光直射下一般30分钟内死亡或丧失传染性。
指导意见：：（1）直肠镜检查：直肠部位的病变由于位置进一步升高，因此需要做直肠镜检查，患者应注意检查前要做一定的准备工作，目前主要采取通便剂排空大便或作清洁灌肠来排空大便。 （2）乙状结肠镜检查：肠的疾病部位进一步上升就需要作乙状结肠镜检查，注意点与直肠镜检查相同。 （3）纤维肛肠镜检查：大肠及肛门部的所有疾病基本上都可通过纤维肠镜的检查来诊断，但应注意事先与医生定好时间，并遵医嘱做好比较复杂的各项准备工作。 （4）X线检查：可作钡剂灌肠检查肛肠病，也可作造影等检查复杂性肛瘘，需在医生指导下完成。
病情分析： 你好，既然有那么长的腹泻病史，且有体重下降、消瘦症状，应该及早做胃镜或者肠镜检查，明确腹泻原因。如果胃没有空腹痛或者餐后痛，那么暂时可以考虑不做胃镜。核磁共振一般针对肠梗阻等病意义较大。
意见建议：给你的建议是，清淡或者软饮食，不能暴饮暴食，不能喝酒，如果实在不想做胃镜，可以选择做结肠镜检查，再进一步视情况选择需要做的检查，当然，必须做胃镜时也不能逃避，选择有无痛胃镜了，打的全麻，病人是没有痛苦的。可以参考一下。
以上是对“做肠镜会感染其他疾病吗”这个问题的建议，希望对您有帮助，祝您健康！