一、消除病因
小肠憩室或手术后的盲襻、肠瘘、狭窄等结构异常原则上可进行手术纠正，但对某些患者（如多发性憩室、硬皮病）是不实际的。因此，应严格掌握手术指征，术中尽量避免上述情况的产生，合理建立循环襻的大小、多少。理论上，应用促动力药有可能清除过度生长的细菌，但对盲襻、多发憩室等解剖异常者能否奏效，同时能否加重原发病的吸收不良（如短肠综合征）有待探讨。
二、抗菌药物治疗
从理论上讲，对抗菌药物的选择应根据小肠肠腔中细菌的敏感性而定，但通常由于存在许多不同细菌种类并有非常不同的敏感性，故在此种情况下选择是非常困难的。一般来说，应该遵循以下原则：尽量选用敏感性高，不良反应小，同时对厌氧菌、需氧菌均有效的抗菌药物；对厌氧菌无效的抗菌药物不宜选用，如青霉素、氨苄西林，口服氨基糖甙类、卡那霉素、新霉素等。用药前先尽可能明确诊断，而避免采取经验性治疗。
1、四环素：开始剂量250mg，4次/d，口服。如有效，腹泻好转，脂肪和维生素B12的吸收在1周内改善。但目前已有60%的患者用四环素治疗无效。
2、阿莫西林/克拉维酸钾（安美汀）：每片含阿莫西林250mg及克拉维酸125mg，能有效地抑制需氧菌和厌氧菌群，纠正吸收不良，每次1～2片，4次/d。
3、头孢拉啶250mg，4次/d。
4、氯霉素50mg/（kg·d）体重，分4次口服，在上述药物无效时常显示很好的疗效。
5、甲硝唑200mg，3次/d。替硝唑0.1g，3次/d。
多数病人在1个疗程（7～10天）后效果显著。对症状迅速复发者，采用周期治疗，即每月治疗1周，持续1～2个月，也能获满意效果，但要注意药物的不良反应。
三、支持治疗
即使细菌过度生长得到满意控制，营养支持疗法也是必要的，脂肪泻患者可减少食物中脂肪或用中链三酰甘油代部分脂肪。维生素B12、维生素K以及钙等也应适当补充。
