确诊是制定治疗原则之本。治疗之前必须明确诊断。从制定治疗的原则出发，至少也应做出如下判断：
1.是否是炎症，是非特异性还是特异性（结核）炎症
非特异性尽可能去除原发感染灶，局部观察，无需特殊处理。结核则按抗结核方案用药。淋巴结核融合局限，无全身结核播散，包括窦道形成者，可行手术切除。
2.是甲状腺肿物还是甲状腺以外的肿物
亚急性甲状腺炎给予药物治疗，慢性甲状腺炎除压迫气管或怀疑有癌灶需手术治疗外，一般采用内科治疗。甲状腺以外的肿物视具体情况而定。
3.是囊肿还是实性肿物
囊肿一般为良性，包括窦道形成者，可行手术切除。实性则视良或恶性而定，良性囊肿如很小，可观察，如较大或影响外观，则手术切除。
4.是恶性还是良性
良性已如上述。恶性肿瘤如局部可切除，又无远处转移，应行根治性切除加淋巴结清扫术，又称联合根治术。也可在联合根治术后放疗或放疗后手术。对已不能切除者，可先试行放疗，若肿瘤有所缩小，再行手术治疗。对于各种转移瘤，除常规检查外，需要经鼻咽、喉、食管及胃的内镜进行检查，找寻原发灶。若病理证实为鼻咽癌的转移瘤，通常先采用原发灶放疗。待病情控制后再行手术。源自下咽区及口腔原发瘤的转移瘤应手术后加化疗。而对锁骨以下部位的转移癌，通常只适于做化疗，但纵隔和食管癌的转移瘤可做放疗。
