1、局部物理治疗：包括激光、低频超声、化学腐蚀（如：硝酸银）、物理屏障（如：氰基丙烯酸盐粘合剂）。
2、局部抗菌药物：氯己定含漱液、金霉素药膏。
3、局部皮质类固醇：氢化可的松或氟轻氢化泼尼松龙（triamcinolone）药膜、倍氯米松含漱液或喷雾剂等。
4、局部止痛剂：苄达明（benzydamine）含漱液或喷雾剂、局部麻醉凝胶。
5、其他局部抗炎制剂：色甘酸钠（sodium cromoglycate）止咳糖浆、前列腺素E2胶、局部粒细胞一巨噬细胞刺激因子、阿司匹林含漱液、双氯酚酸（diclofenac）、胃溃宁（sucraifate）。
6、全身用药：泼尼松龙（prednisolone）、咪哇硫嘌呤（azathioprine）、左旋咪唑（levamisole）、秋水仙素（colchicine）、贝通（pentoxifylline）、氨苯砜（dapsone）、甲氰咪胍（cimetidine）、转移因子等。
全身治疗：反复发作或溃疡症状严重者应全身用药。可使用皮质类固醇泼尼松龙，或与咪唑硫嘌呤一同用药，但要注意其副作用。亦可用抗肿瘤坏死因子α的药物：贝通，0.4g，3次/d，副作用有胃肠不适。秋水仙素能减缓疼痛，缩短发作频率。其机制可能是可降低嗜中性细胞的趋化功能。副作用有胃肠道不适、腹泻，长期使用可引起男性不育。有报道称左旋咪唑与中药合用可减少溃疡数目，减少复发，延长间隙期。
中医药治疗：用于阴虚火旺、虚火上炎所致的口疮灼热以及复发性口腔溃疡见以上症状者，有滋阴降火的作用。毒副作用较小。重症患者第一次加倍服用，通常服用时口含几分钟吞下，疗效更好。辨证施治可根据四诊八纲进行。脾胃伏火型宜清热泻火、凉血通便，方用凉隔散、清胃散、玉女煎等。心火上炎型宜清心降火、凉血利尿，方用导赤散、泻心汤、小蓟子饮等加减。肝郁蕴热型宜清肝泻火、理气凉血，方用龙胆泻肝汤、小柴胡汤等。阴虚火旺型宜滋阴清热，方用六味地黄汤、杞菊地黄汤、甘露饮等。脾虚湿困型宜健脾化湿，方用健脾胜湿汤、五荃散、平胃散等。气血两虚型宜气血双补，方用补中益气汤、参苓白术散等。
