卵巢巧克力囊肿，是由于子宫内膜错误地移位到卵巢所引起的，是子宫内膜异位症常见的一种类型。“跑”到卵巢的子宫内膜跟月经一样，定期剥落并 少量出血，反反复复出血逐渐形成单个或多个囊肿，囊肿内含咖啡色黏糊状陈旧血，看起来像巧克力，所以被称为“巧克力囊肿”。卵巢巧克力囊肿病变，可以是一 侧卵巢，但是约有50%以上的患者会有双侧卵巢的巧克力囊肿。
巧克力囊肿除了让女性在每个经期都会有痛经外，引起的大麻烦就是不孕。因为它会影响到卵巢、输卵管功能，卵巢巧克力囊肿患者虽能照样排卵，但因输卵管与周围有粘连，妨碍输卵管的活动，使输卵管不能灵巧地“捡拾”到卵巢排出的卵子，终造成不孕。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的其中一种，巧克力囊肿不是恶性的,但复发率很高。研究表示，对于小于200px的巧克力囊肿可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失;而对于较大的则以手术治疗为先，以防其因身体运动引起缔结扭转或破裂。
一、保守治疗：只去除子宫内膜异位的病灶，包括把卵巢的子宫内膜异位囊肿剥除，保留卵巢和子宫。保守治疗约有58%的复发率。
针对手术后复发的巧囊，在基本除外巧囊恶变的情况下，如果患者对再次手术有顾虑，可以考虑B超引导下穿刺抽吸巧囊液，还可以配合灌注无水乙醇等药物，减少囊内液的分泌，促进囊肿粘连闭合。
二、药物疗法：妊娠是对本病很好的治疗，而本病恰恰不易怀孕，所以若是能妊娠可谓一石击二鸟。如果不能妊娠，可采取假孕或假绝经疗法。
三、性手术：将子宫、输卵管、卵巢及一切所见之异位病灶一并切除，适合重症年龄较大者。性手术几乎无复发率
四。亚手术：是指在病情比较重，不考虑生育功能的情况下，切除子宫所见异位病灶，但鉴于病人还较年轻而保留卵巢，一般亚手术后要给予3个月的药物巩固治疗。亚手术有26%的复发率。
五、假绝经疗法：也适于病情较重的病人，用药物降低雌激素水平，造成一种假绝经现象，使异位内膜萎缩，达到治疗的目的。
六、假孕疗法：适合症状较重、盆腔病变较明显者，或已有小的“巧囊”形成者，可用孕激素或黄体酮类药物，造成一种类似于妊娠的状态，使异位的内膜消退或囊肿缩小。
据统计数据显示，因卵巢囊肿导致的女性不孕约占不孕症的15%-25%，是不孕症的重要原因之一。因此，及早、及时诊断并治疗卵巢巧克力囊肿对于不孕患者至关重要。
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