孕40天时，B超能否看到孕囊取决于孕妇的月经周期和排卵时间。

一般来说，孕囊是胚胎发育的早期结构，通常在怀孕5周左右开始形成。如果孕妇的月经周期规律，排卵时间正常，在孕40天时，B超检查通常可以看到孕囊。然而，如果孕妇的月经周期不规律，排卵时间推迟，孕囊的形成时间也会相应推迟，孕40天时可能看不到孕囊。

此外，B超检查看到孕囊的时间还受到其他因素的影响，如孕妇的体质、孕囊的位置等。有些孕妇在孕40天时可能只能看到孕囊的轮廓，而有些孕妇则可以看到完整的孕囊。

需要注意的是，B超检查是一种无创的检查方法，对胎儿和孕妇都没有危害。如果孕妇在孕40天时没有看到孕囊，不必过于担心，可以在一周后再次进行B超检查，以确定孕囊是否存在。

总之，孕40天时，B超能否看到孕囊取决于孕妇的月经周期和排卵时间。如果孕妇在孕40天时没有看到孕囊，可以在一周后再次进行B超检查，以确定孕囊是否存在。