国内尚无确切发病率统计资料。社区感染中罕见，院内感染中约占3.4%～5.8%。与其他革兰阴性杆菌肺炎类似，主要是吸入口咽部定植的变形杆菌。正常人携带此菌很少，老年、使用抗酸剂或H2受体阻滞药导致胃液pH 升高、个人卫生状况不佳、胃肠道手术者，口咽部变形杆菌定植增加。当机体抵抗力下降而吸入的菌量较多、毒力较强时，肺炎随之发生。变形杆菌肺炎的发病率一般不高，多属院内获得性感染。