1.一般治疗
(1)支持治疗 包括保持呼吸道通畅，氧气吸入，给予足够的营养和液体，以保持机体处于安全和稳定状态。
(2)积极治疗原发病 变形杆菌肺炎的发病一般有潜在的基础疾病如慢性肺部疾病糖尿病、酒精中毒和肾脏病等，积极处理这些原发疾病，有利于改善病人机体状况，增加抵抗力。
2.抗感染治疗
抗菌药物的应用是治疗变形杆菌肺炎的关键。但由于许多菌株如普通变形杆菌、奇异变形杆菌等具有天然耐药性，因此在经验治疗的基础上一定要参考体外药物敏感试验结果。
(1)三代头孢菌素 在体外细菌学及药物敏感试验结果出来前，对革兰阴性杆菌性肺炎尤其是院内获得性目前主张选用针对革兰阴性杆菌的第三代头孢菌素，或与氨基糖苷类抗生素合用。常用药物头孢曲松(头孢三嗪)。
(2)氨基糖苷类 对奇异变形杆菌以外的细菌常为首选，最常使用的为阿米卡星，但对有肾脏功能不全者或老年人应注意毒副反应，必要时可作血药浓度检测，可与第三代头孢菌素合用。
(3)喹诺酮类药物 对头孢菌素和氨基糖苷类抗生素反应不佳时可选用喹诺酮类抗生素，静脉应用如环丙沙星、氧氟沙星、左氧氟沙星、司氟沙星(司帕沙星)等。
当取得病原学结果后，应及时根据药敏结果调整抗生素，选用敏感抗生素。
