1.非手术治疗
大肠息肉的处理原则是发现息肉即行摘除，治疗方案的选择依其所在部位，有无蒂，大小及恶性潜在性而定。非手术治疗主要是内镜下高频电凝息肉切除术，或激光或微波切除术。术前行肠道清洁准备，在凝血机制无障碍的情况下进行切除，术后进食少许流汁或禁食1～3天，限制活动量，静脉给予止血(如酚磺乙胺3.0g/d)、抗炎(针对革兰阳性菌的抗生素)、保护肠黏膜(双八面体蒙脱石等)治疗，密切观察大便颜色、肠鸣音等，密切注意有无出血、穿孔发生。
(1)高频电凝切除术 根据息肉的形态、大小、数量，及蒂的有无、长短粗细可采用以下方法。①高频电凝灼除法 主要用于多发半球状小息肉。②高频电凝圈套切除法 主要用于有蒂息肉。③“密接”摘除法 主要用于长蒂大息肉，难以悬于肠腔者采用大息肉密接肠壁电凝切除法。④高频电凝热活检钳法 目前很少应用。
(2)活检钳除法 主要用于单发或少数球状小息肉，简便易行，又可取活组织病理检查。
(3)分期分批摘除法 主要用于10～20颗息肉患者无法一次切除者。
(4)激光气化法和微波透热法 适用于无需留组织学标本者。
2.手术治疗
息肉病患者可采取内镜、外科手术联合治疗法，这样既可达到治疗目的，又可维持大肠正常功能。外科手术指征常为：10 个以上多发性、体积较大，且局限于某一肠段的腺瘤;较大息肉堵塞大半肠腔，蒂部显示不清或广基腺瘤，基底直径>2厘米。大肠腺瘤切除后复发率高，有多发性腺瘤可能，应根据患者组织学类型制定细致的临床随访计划，及早发现病变并给予及时治疗。
恶性大肠息肉是指含有侵入性癌细胞的腺瘤，并有癌细胞穿过黏膜肌层进入黏膜下层。与重度不典型增生的腺瘤相比，恶性腺瘤的癌细胞并不局限于黏膜内，所以，有转移的可能性。对结肠镜下切除的恶性息肉应根据息肉切除基底部位是否残留癌细胞或是否有淋巴结转移等确定手术治疗指征。结肠镜下当一个息肉被怀疑为恶性时，内窥医师应首先估计是否可在内镜下切除，有蒂或小的无蒂息肉可被完全切除，而大的无蒂息肉应先进行活检。息肉被切除后，所有组织应送病理检查(即全瘤病检)，息肉所在的部位也应详细描述，因为如果息肉被发现是恶性时，则必须手术治疗。也可将印度墨水注入息肉切除部位的肠壁，为今后可能的手术部位留下永久性定位标志。
3.定期随访
由于大肠息肉，特别是腺瘤性息肉已被学者公认为癌前期病变或状态，所以，对大肠息肉患者的定期随访，已被提到防治早期大肠癌的高度来认识。大肠息肉，尤其腺瘤息肉，定期随访是防止息肉恶变的重要一环。息肉的再检出率较高，国外报道13%～86%不等，新检出的息肉除部分为残留息肉再次生长的复发息肉外，一些为大肠新生息肉和遗漏息肉。为保持肠道无息肉状态，防止大肠癌的发生，制定一个经济有效的随访计划是必要的。